По данным  переписи  населения 1924 года, село Мухор-Черга  образовано в 1856 году. Здесь было 23 двора,  122 душ, в основном проживали телеуты (алтайцы).

13 апреля 1931 года в Мухор-Черге образована сельскохозяйственная  артель «Горный Алтай». Хозяйство имело более 80 дойных коров, табуны лошадей, овец. Была звероферма, где разводили лисиц, енотов, кроликов. Сеяли ячмень, овес, рожь, пшеницу, просо, коноплю, лен, выращивали овощи.

В Мухор- Черге, на тот период, функционировал свой маслосырзавод, где, кроме основной продукции, производили брынзу из овечьего молока. В начале 30-х годов бригадиром полеводства работал Поликарп Захарович Кузьмин. В 1935 году он был избран председателем сельхозартели «Горный Алтай». Руководил хозяйством Поликарп Захарович до 1938 года. В1937 году он был делегирован на 3 съезд колхозников в город Новосибирск.

Секретарем комсомольской организации и кладовщиком сельхозартели «Горный Алтай» работал Буубай Бадиков. Активная жизненная позиция комсомольцев Мухор-Черги отмечалась руководством района на пленуме райкома комсомола 1938 г.

На основании постановления Совнаркома РСФСР № 2341 за 1938 год произошло укрупнение сельхозпредприятий. На основании сельхозартели создан колхоз «Боец Алтая», который объединил все маленькие хозяйства.

В 1940 году Шебалинский райисполком назначил  председателем колхоза «Борец Алтая» Сергея Венедиктовича Налимова, который в ноябре 1942 года добровольцем ушел на фронт, а в 1943 году при форсировании реки Снов за проявленное мужество и героизм был удостоен звания героя Советского Союза. За годы войны из Мухор-Черги ушли на фронт 56 человек, живыми вернулись 14, погибли и без вести пропали 42 бойца.

С 1951 по 1956 год председателем колхоза работал фронтовик Алексей Афанасьевич Третьяков.  В период его руководства были отменены трудодни и оплата сельскохозяйственной продукцией, колхозники начали получать заработную плату в денежном выражении. Алексей Кузьмин - победитель соцсоревнований, был делегатом всесоюзной выставки ВДНХ в городе Москва. Фронтовики Пантелей Манатов, Иван Баштыкович Меркетов, Борис Карманович Болчищев - передовики производства области, лучшие скотники, чабаны колхоза «Борец Алтая», неоднократно награждались руководством района и области Почетными грамотами и ценными подарками.

В 1953 году в Мухор-Черге построили новый клуб, здание конторы, скотный двор для дойных коров. Открыли сельскую библиотеку, библиотекарем села работал Борис Поликарпович Кузьмин. Он привез первые 50 книг в Мухор-Чергинскую библиотеку. Постановлением бюро Алтайского крайисполкома № 272 от 31.03.60  «Об укрупнении сельскохозяйственных предприятий» колхоз «Борец Алтая» вошел в состав Чергинского оленесовхоза.

В Мухор-Черге родилась Валентина Николаевна Боконокова - журналист, заслуженный работник культуры РФ; Нина Васильевна Барабошева -ветеринарный врач, делегат 14 съезда ВЛКСМ; Надежда Романовна Штанакова - кандидат исторических наук; Светлана Борисовна Сумачакова - юрист 1 класса; Галина Ивановна Меркетова - врач педиатр; Екатерина Андреевна Шабуракова - ветеран БУЗ «Шебалинская районная больница»; Ксения Васильевна Ялбакова - ветеран труда сельхозпредприятия «АЭХ СО РАН» и многие другие. В настоящее время в селе проживает 172 человека, функционирует начальная школа, медпункт, сельский клуб, библиотека, одно крестьянско-фермерское хозяйство Вячеслава Ивановича Бадикова.

(По материалам архива. Источники: историческая справка архивного фонда № Р-102, Сельский Совет депутатов, сельская администрация МО Улусчергинское сельское поселение.